【長文です】
背景透明psdの発生条件つかめたようです。（CS4以 降を対象）
まず、psdの保存時に『互換性の優先』チェックを外せば線は出ません。
（先日「互換性を優先チェックを外しても線が出る」という誤った情報を出しました。この情報は間違っています。申し訳ありません。）
『互換性を優先』チェックの入っているpsdを使用する場合。
psdをaiに貼り、ここからx4書くと周囲に線が見えます。 https://www.sugarsync.com/pf/D058324_62777609_796260
またこのaiをinddに貼ってx4を書いても周囲に線が見えます。 https://www.sugarsync.com/pf/D058324_62777609_796267
線には種類が二つあります。RIP結果に影響する線と影響しない線です。 https://www.sugarsync.com/pf/D058324_62777609_796252
x4書き出し時に、画像の圧縮でダウンサンプリングの対象になった画像の周囲に、影響のでる線が付きます。 よってダウンサンプリングをしない設定でx4を書けば、影響のでない線に統一できます。
従って問題の発生条件は 『x4書き出し時にダウンサンプリングの対象となった背景透明psdの周囲に、RIP結果に影響する線が出る』 となります。 psdを縮小してaiに貼ったり、psdを貼ったaiを縮小してinddに貼った場合、 x4書き出し時には画像の実質解像度で処理されるため、 予期しなかった画像がダウンサンプリングの対象になることが起こりえます。ご注意を。
サンプルで作ったPDFはダウンサンプリング325dpi以上の画像を325dpiに圧縮する設定です。320dpiと330dpiの画像間で処理の違いが発生しています。
また、背景透明psdをinddに直接貼っても、CS4以降のバージョンでは問題は確認できませんでした。( CS3では起こります。）